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利用质谱仪开展的蛋白组学研究中，质谱的扫描速度会影响蛋白的鉴定深度。引入双TIMS/PASEF® (Parallel Accumulation-SErial Fragmentation平行累积串行碎裂)分离技术的timsTOF Pro平台使得蛋白质组学进入了4D蛋白质组学新时代。传统的3D分离技术包括保留时间(retention time)、质荷比(m/z)、离子强度（intensity),4D分离技术增加了第四个维度--离子淌度(mobility)(图1)，进而大幅度的提高了扫描速度和检测灵敏度，大幅提升蛋白鉴定的数量和覆盖率。

timsTOF Pro创新性地使用了双TIMS分离/富集装置，离子在第一个TIMS部分中进行累积，在第二个TIMS中根据淌度进行分离，经过分离后的离子继续用于MS/MS碎裂。往复进行此过程，当第二个TIMS进行分离时，第一个TIMS也同时在平行地累积离子，这样可以实现近乎100％的离子利用率。减少1价离子（杂离子）的干扰。

timsTOF Pro平台优势

▷ 更加灵敏  ▷  更深覆盖  ▷  更高通量  ▷  更加稳定

总结一下，基于timsTOF Pro平台的特点，4D蛋白质组能够实现更低样本进样量确能有更高的蛋白鉴定的数量和覆盖率；大幅降低label-free的“Missing Value”；提高DIA对低丰度蛋白的检出率；大幅提高肽段和翻译后修饰鉴定的深度和可靠性；更高选择性的PRM靶向蛋白分析；高重复和稳定性为临床大队列研究提供保障。